Toen in 1567 de echtgenoot van Maria Stuart werd vermoord, werd een zeker Bothwell algemeen voor de dader gehouden. Kort daarop trouwde Maria Stuart met deze man. De Calvinisten downingen haar toen afstand te doen van haar troon. Maria Stuart vluchtte naar haar nicht Elisabeth I, die haar gevangen zette.

De verhouding tussen Elisabeth I (1533-1603) en de katholieken in Engeland was en bleef slecht. In 1587 werd een samenzwering ontdekt tegen het leven van de Engelse koningin. Maria Stuart bleek in contact te staan met de samenzweerders. Na een kort proces werd Maria Stuart onthoofd.

Spaanse Armada

Voor de paus was dit het teken om Elisabeth I vervallen te verklaren van de Engelse troon. De paus schonk haar rijk aan Filips II. De Spaanse koning zond daarop in 1588 een reusachtige vloot naar Engeland, om ervoor te zorgen dat beide landen in één keer onderworpen zouden worden. Zijn plan mislukte. De Spaanse Armada werd door de Engelsen en Nederlanders in het Kanaal volledig vernietigd.

Tijdens de regering van Elisabeth I versterkte Engeland zijn economische positie. Vooral de handel en scheepvaart kwamen tot grote bloei.

Elisabeth was haar gehele leven ongehuwd en wordt daarom ook wel de Virgin Queen genoemd.